Ihmisen suoliston mikrobistoa voidaan tutkia massaspektrometrian DIA-menetelmällä (Väitös: FM Sami Pietilä, 13.1.2022, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia)

Ihmisen suolisto on monimuotoisen mikrobiyhteisön elinympäristö, jossa erilaiset mikrobit, kuten bakteerit, elävät rinnakkain. Tämä mikrobiyhteisö suorittaa ihmiskehon kannalta keskeisiä toimintoja. Mikrobiston suorittamien toimintojen tutkiminen on tarpeellista, jotta ymmärtäisimme, miten mikrobisto vaikuttaa ihmisen terveyteen ja sairauksiin.

– Suolistomikrobiston toimintaa voidaan tutkia tunnistamalla mikrobien tuottamiin proteiineihin liittyviä toimintoja sekä mikrobeja, joista proteiinit ovat peräisin. Proteiineja sisältävien näytteiden analysointiin voidaan käyttää massaspektrometriaan pohjautuvia menetelmiä, Sami Pietilä kertoo.

Pietilä tarkasteli väitöstutkimuksessaan massaspektrometrian DIA-menetelmän soveltuvuutta lukuisia eri mikrobeja sisältävien näytteiden analysointiin. Tutkimuksessaan Pietilä totesi, että DIA-menetelmä soveltuu suoliston mikrobiston analyysiin, ja parantaa analyysitulosten toistettavuutta verrattuna nykyisin käytettyyn DDA-menetelmään. 

Pietilä analysoi DIA-menetelmällä kerätyn datan käyttäen laboratoriossa koottua 12 bakteerin seosta ja ihmisperäisiä ulostenäytteitä. Hän esittelee väitöskirjassaan kaksi erilaista lähestymistapaa analyysiin.

Ensimmäisessä lähestymistavassa Pietilä hyödynsi DDA-menetelmällä kerättyä dataa analyysin apuna. Jälkimmäisessä lähestymistavassa hän puolestaan poisti riippuvuuden DDA-datasta. Menetelmän sovelluksena Pietilä esittelee ihmisen suolistossa hiilihydraattien pilkkomiseen osallistuvien bakteeriperäisten proteiinien analyysin. 

– Osana tutkimusta kehitin DIA-menetelmällä kerätyn datan analysointiin soveltuvan DIAtools-ohjelmiston, joka julkaistiin avoimen lähdekoodin lisenssillä vapaasti saataville, Pietilä kertoo.

***

FM Sami Pietilä esittää väitöskirjansa ”Data-independent acquisition mass spectrometry for human gut microbiota metaproteome analysis” julkisesti tarkastettavaksi Turun yliopistossa torstaina 13.1.2022 klo 12.00.

>> Yleisö voi seurata väitöstä etäyhteyden kautta

Vastaväittäjänä toimii professori Lennart Martens (Ghent University, Belgia) ja kustoksena professori Laura L. Elo (Turun yliopisto). Tilaisuus on englanninkielinen. Väitöksen alana on lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia.

Turun yliopisto seuraa aktiivisesti koronavirustilannetta ja viranomaisten ohjeita. Yliopisto päivittää ohjeitaan tilanteen mukaan. Ohjeet ja linkit löytyvät osoitteesta: utu.fi/koronavirus

Väittelijän yhteystiedot: sami.pietila@utu.fi