Luotettavampia proteiinimäärien mittauksia ja parempia löydöksiä laskennallisten työkalujen avulla (Väitös: FM Tommi Välikangas, 11.2.2022, tietojenkäsittelytiede)
Massaspektrometriaan (MS) pohjautuva proteiinien tunnistus ja mittaus, proteomiikka, on kehittynyt tehokkaaksi työkaluksi, jota hyödynnetään niin biologisessa kuin lääketieteellisessäkin tutkimuksessa. FM Tommi Välikangas vertaili väitöskirjassaan kattavasti MS-datan käsittelyn eri vaiheisiin liittyviä ohjelmallisia työkaluja.
Usein massaspektrometrin tuottama data sisältää merkittävän määrän mittauksesta johtuvaa teknistä kohinaa ja puutteellisia mittauksia, jotka voivat vääristää todellista biologista signaalia ja hankaloittaa sen löytämistä. MS-instrumentista saatava data pitääkin ”normalisoida”, jolla pyritään pääsemään eroon vääristävästä teknisestä kohinasta ja saattamaan näytteet vertailukelpoisiksi keskenään.
- Vertailin työkaluja datan normalisoinnista sopivan esikäsittelyohjelmiston valintaan ja puutteellisten mittausten käsittelyyn ja etsin parhaita käytäntöjä eri vaiheisiin liittyen. Näiden työkalujen oikea käyttö lopulta mahdollistaa datan tehokkaan analysoinnin ja jatkojalostuksen biologiseksi tai lääketieteelliseksi ymmärrykseksi, Välikangas kertoo.
Väitöstutkimuksessa kehitettiin uusi, erityisen hyvin teknistä kohinaa ja puutteellisia mittauksia sietävä laskennallinen menetelmä proteiinitasojen erojen havaitsemiksi kahden käsittelyn välillä pitkittäistutkimuksissa. Uusi työkalu mahdollistaa todellisen biologisen signaalin havaitsemisen entistä tarkemmin massaspektrometridatasta. Lisäksi väitöskirjassa tarkastellaan havaittujen tilastollisten löydösten jalostamista käytännön biologiseksi ymmärrykseksi rikastumis- ja verkkoanalyysien kautta. Löydöksiin perustuvien verkkojen tehokas visualisointi mahdollistaa keskeisten tulosten nopean tulkinnan ja kiinnostavimpien löydösten valinnan jatkotutkimuksia varten.
***
FM Tommi Välikangas esittää väitöskirjansa ”Enhanced label-free discovery proteomics through improved data analysis and knowledge enrichment” julkisesti tarkastettavaksi Turun yliopistossa perjantaina 11.2.2022 klo 12.00 (Vierailukeskus Joki, Putous-auditorio, Lemminkäisenkatu 12 b, Turku). Väitöstilaisuutta voi seurata myös etänä.
Vastaväittäjänä toimii tutkimusjohtaja Markku Varjosalo (Helsingin yliopisto) ja kustoksena professori Laura Elo (Turun yliopisto). Tilaisuus on englanninkielinen. Väitöksen alana on tietojenkäsittelytieteet.
Salitilaisuuteen saapuvalta yleisöltä edellytetään koronatodistuksen esittämistä. Todistus edellytetään 16 vuotta täyttäneiltä henkilöiltä, jotka eivät ole yliopiston henkilökuntaa tai opiskelijoita.
Turun yliopisto seuraa aktiivisesti koronavirustilannetta ja viranomaisten ohjeita. Yliopisto päivittää ohjeitaan tilanteen mukaan. Ohjeet ja linkit löytyvät osoitteesta: utu.fi/koronavirus
Väittelijän yhteystiedot: tsvali@utu.fi
