Evoluutiobiologian sovelluskeskus

Projektissa genotyypitämme mikrosatelliittimarkkereiden avulla merikotkanäytteitä.

Penttinen, I., Nebel, C., Stjernberg, T. et al. Large-scale genotypic identification reveals density-dependent natal dispersal patterns in an elusive bird of prey. Mov Ecol 12, 16 (2024). DOI: 10.1186/s40462-023-00447-5

Osallistumme DISRUPT-projektiin selvittämällä linnunpoikasten sukupuolen DNA-pohjaisella menetelmällä. DNA:n avulla saamme määritettyä sukupuolen näytteistä, joista se ei ole muuten mahdollista, kuten esimerkiksi nuorista poikasista tai pesään jääneistä munankuorista. 

DISRUPT: Ducks as models for assessIng endocrine DISRUPTing chemicals in the aquatic environment

https://sites.utu.fi/disrupt/

Teemme DNA-eristyksiä ja määrityksiä Experimental Evolution-projektille (#EXPEVO). Tässä eliöyhteisöjen ekologista ja evolutiivista dynamiikkaa tutkivassa projektissa hyödynnetään DNA-analyysejä kun halutaan määrittää mikrobiyhteisöjen lajikoostumusta erilaisissa kokeellisissa asetelmissa.

https://www.expevo.org/

Projektissa genotyypitämme eurooppalaisia lehtopöllöjä eri populaatioista mikrosatelliittimarkkereiden avulla.

Teemme DNA- ja RNA-eristyksiä sekä patogeenimäärityksiä punkeista CoastNet LIFE -projektille.

https://www.metsa.fi/en/project/coastnet-life/

Teemme DNA-eristyksiä ja määrityksiä vesipunkeille.

Teemme DNA-analyysejä Lupinus polyphyllusin maaperän mikrobeille.

Mousavi, S. A., & Ramula, S. (2024). The invasive legume Lupinus polyphyllus has minor site-specific impacts on the composition of soil bacterial communities. Ecology and Evolution, 14, e11030. DOI: 10.1002/ece3.11030

Mikrobi-DNA -analyysejä merivedestä kerätyille filtterinäytteille sekä kasviplanktonin sieniloisen DNA:n eristämistä (korkea molekyylipaino) koko genomin sekvensointia varten.

Phytoplankton-Parasite interactions along a salinity gradient

https://uglylab.science/

Projektissa testaamme ja kehitämme RAD-tag menetelmää kahdelle kalalajille, hauelle ja ahvenelle.

Tutkimme Iijoen taimenen geneettistä populaatiorakennetta mikrosatelliittimarkkereiden avulla. Tavoitteena on selvittää esiintyykö Iijoessa mahdollisesti alkuperäiseksi luokiteltavissa olevaa taimenkantaa, joka poikkeaa istutuksissa käytetystä kannasta.

Teemme erilaisia DNA- ja RNA-analyysejä endofyyttiprojektin kohdelajeille, sekä kasveille että niissä eläville endofyyttisienille. 

Aero-DNA pilottiprojektissa eristetään DNA:ta siitepölynauhoista ja saadun DNA:n avulla tutkitaan ilmassa liikkuvien kasvien lajikirjoa sekvensoimalla näytteistä osa trnL-aluetta. 

Teemme erilaisia DNA-analyysejä Metsänrajapuutarhaan kuuluvista koivunäytteistä hyödyntäen mm. mikrosatelliittimarkkereita.

Kehitämme ja testaamme eDNA-pohjaista menetelmää, jonka avulla voidaan arvioida taimenyksilöiden lukumäärä vesinäytteestä. Vedessä elävistä lajeista irtoaa jatkuvasti pieniä määriä solumateriaalia, ja täten myös DNA:ta, joka voidaan havaita vesinäytteestä. Menetelmässä eristämme vesinäytteestä siinä olevat DNA-molekyylit ja määritämme erityisesti taimen DNA:n määrän qPCR:n avulla.

DNA-analyysien avulla saadaan lisätietoa susien lukumääristä ja liikkeistä kannanarviota varten.

Tuloksia ja lisätietoja täältä:

http://www.suurpedot.fi/suojelu-ja-metsastys/tutkimus/susien-dna-tutkimus.html

Teemme DNA-analyysejä sinitiaisista hyödyntäen mm. mikrosatelliittimarkkereita.

Projektissa selvitämme Guadua-bambujen populaatiorakennetta mikrosatelliittimarkkereiden avulla.

Alale, T. Y., Sormunen, J. J., Vesterinen, E. J., Klemola, T., Knott, K. E., & Baltazar-Soares, M. (2024). Genomic signatures of hybridization between Ixodes ricinus and Ixodes persulcatus in natural populations. Ecology and evolution, 14(5), e11415. DOI: 10.1002/ece3.11415

Osallistumme INVASIVES-projektiin tekemällä DNA-analyysejä mm. leväsiiroista. Itämeren rantavyöhykkeiden eliöyhteisöihin saapuvat tulokaslajit voivat muuttaa yhteisön dynamiikkaa, luoda uudenlaisia valintapaineita ja syrjäyttää alkuperäislajeja.

https://sites.utu.fi/alga/