Evoluutiobiologian sovelluskeskus

Evoluutiobiologian sovelluskeskus on biologian laitoksella toimiva palveluyksikkö. Toimimme tutkimuksen teknisenä tukena laitoksella ja tarjoamme myös palveluita ulkopuolisille tahoille.

Toteutamme erilaisia evoluutiobiologiaan liittyviä projekteja yhdessä yliopistolla toimivien tutkijoiden ja muiden yhteistyökumppanien kanssa. Voimme osallistua joustavasti projektin eri vaiheisiin, kuten rahoituksen hakemiseen, laboratorioanalyysien tekemiseen ja tulosten raportointiin.

Analyysipalveluihimme kuuluu mm. DNA/RNA-eristykset, mikrosatelliittianalyysit, RAD-seq, qPCR, eDNA sovellukset, DNA-kirjastojen valmistelu, Sanger ja uuden sukupolven sekvensointi ja menetelmäkehitys.

Projekteja

Merikotkien genotyypitys (TY)

Projektissa genotyypitämme mikrosatelliittimarkkereiden avulla merikotkanäytteitä.

Penttinen, I., Nebel, C., Stjernberg, T. et al. Large-scale genotypic identification reveals density-dependent natal dispersal patterns in an elusive bird of prey. Mov Ecol 12, 16 (2024). DOI: 10.1186/s40462-023-00447-5

DNA-pohjainen sukupuolenmääritys linnunpoikasista (TY)

Osallistumme DISRUPT-projektiin selvittämällä linnunpoikasten sukupuolen DNA-pohjaisella menetelmällä. DNA:n avulla saamme määritettyä sukupuolen näytteistä, joista se ei ole muuten mahdollista, kuten esimerkiksi nuorista poikasista tai pesään jääneistä munankuorista. Poikasten DNA-näyte otetaan ns. swab-menetelmällä, eli pyyhkäisemällä suun soluja näytteenottopuikolla.

DISRUPT: Ducks as models for assessIng endocrine DISRUPTing chemicals in the aquatic environment

https://sites.utu.fi/disrupt/

DNA-analyysejä kokeelliseen evoluution (TY)

Teemme DNA-eristyksiä ja määrityksiä Experimental Evolution-projektille (#EXPEVO). Tässä eliöyhteisöjen ekologista ja evolutiivista dynamiikkaa tutkivassa projektissa hyödynnetään DNA-analyysejä kun halutaan määrittää mikrobiyhteisöjen lajikoostumusta erilaisissa kokeellisissa asetelmissa.

https://www.expevo.org/

Lehtopöllöjen genotyypitys (TY)

Projektissa genotyypitämme eurooppalaisia lehtopöllöjä eri populaatioista mikrosatelliittimarkkereiden avulla.

DNA ja RNA -analyysejä punkeille (TY/Metsähallitus)

Teemme DNA- ja RNA-eristyksiä sekä patogeenimäärityksiä punkeista CoastNet LIFE -projektille.

https://www.metsa.fi/en/project/coastnet-life/

DNA-analyysejä vesipunkeille (TY)

Teemme DNA-eristyksiä ja määrityksiä vesipunkeille.

DNA-analyysejä lupiinin kasvumaan mikrobiomille (TY)

Teemme DNA-analyysejä Lupinus polyphyllusin maaperän mikrobeille.

Mousavi, S. A., & Ramula, S. (2024). The invasive legume Lupinus polyphyllus has minor site-specific impacts on the composition of soil bacterial communities. Ecology and Evolution, 14, e11030. DOI: 10.1002/ece3.11030

DNA-analyysejä akvaattisille mikrobeille (TY)

Mikrobi-DNA -analyysejä merivedestä kerätyille filtterinäytteille sekä kasviplanktonin sieniloisen DNA:n eristämistä (korkea molekyylipaino) koko genomin sekvensointia varten.

Phytoplankton-Parasite interactions along a salinity gradient

https://uglylab.science/

Aiempia projekteja

RAD-tag genotyypitystä kaloille (SLU, Ruotsi)

Projektissa testaamme ja kehitämme RAD-tag menetelmää kahdelle kalalajille, hauelle ja ahvenelle.

Iijoen taimenten DNA-analyysit (Pohjois-Pohjanmaan ELY)

Tutkimme Iijoen taimenen geneettistä populaatiorakennetta mikrosatelliittimarkkereiden avulla. Tavoitteena on selvittää esiintyykö Iijoessa mahdollisesti alkuperäiseksi luokiteltavissa olevaa taimenkantaa, joka poikkeaa istutuksissa käytetystä kannasta.

Endofyyttiprojektin DNA- ja RNA-analyysit (TY)

Teemme erilaisia DNA- ja RNA-analyysejä endofyyttiprojektin kohdelajeille, sekä kasveille että niissä eläville endofyyttisienille.

DNA-kirjastojen valmistelu Aero-DNA -projektille (TY)

Aero-DNA pilottiprojektissa eristetään DNA:ta siitepölynauhoista ja saadun DNA:n avulla tutkitaan ilmassa liikkuvien kasvien lajikirjoa sekvensoimalla näytteistä osa trnL-aluetta.

Geneettiset analyysit MRP-projektille (TY)

Teemme erilaisia DNA-analyysejä Metsänrajapuutarhaan kuuluvista koivunäytteistä hyödyntäen mm. mikrosatelliittimarkkereita.

Pilottikoe eDNA-menetelmän hyödyntämisestä taimenten määrän selvittämisessä (LUKE)

Kehitämme ja testaamme eDNA-pohjaista menetelmää, jonka avulla voidaan arvioida taimenyksilöiden lukumäärä vesinäytteestä. Vedessä elävistä lajeista irtoaa jatkuvasti pieniä määriä solumateriaalia, ja täten myös DNA:ta, joka voidaan havaita vesinäytteestä. Menetelmässä eristämme vesinäytteestä siinä olevat DNA-molekyylit ja määritämme erityisesti taimen DNA:n määrän qPCR:n avulla.

Susien kannanarvion DNA-analyysit (LUKE)

DNA-analyysien avulla saadaan lisätietoa susien lukumääristä ja liikkeistä kannanarviota varten.

Tuloksia ja lisätietoja täältä:

http://www.suurpedot.fi/suojelu-ja-metsastys/tutkimus/susien-dna-tutkimus.html

Sinitiaisten genotyypitys (TY)

Teemme DNA-analyysejä sinitiaisista hyödyntäen mm. mikrosatelliittimarkkereita.

Guadua-bambujen genotyypitys (TY)

Projektissa selvitämme Guadua-bambujen populaatiorakennetta mikrosatelliittimarkkereiden avulla.

DNA-kirjaston valmistelu punkeille (TY)

Alale, T. Y., Sormunen, J. J., Vesterinen, E. J., Klemola, T., Knott, K. E., & Baltazar-Soares, M. (2024). Genomic signatures of hybridization between Ixodes ricinus and Ixodes persulcatus in natural populations. Ecology and evolution, 14(5), e11415. DOI: 10.1002/ece3.11415

DNA-analyysejä leväsiiroille (TY)

Osallistumme INVASIVES-projektiin tekemällä DNA-analyysejä mm. leväsiiroista. Itämeren rantavyöhykkeiden eliöyhteisöihin saapuvat tulokaslajit voivat muuttaa yhteisön dynamiikkaa, luoda uudenlaisia valintapaineita ja syrjäyttää alkuperäislajeja.

https://sites.utu.fi/alga/