Parhaillaan tutkin kroonista suolistotulehdusta (IBD) ja sen vaikutusta hevosen suolistomikrobistoon sekä suoliston mitokondrioiden toimintaan. 

Tutkin myös kokeellisesti ihmisen aiheuttamien ympäristömuutosten vaikutusta kalapopulaatioihin. Pääasiallisesti tutkin kokoon kohdistuvan kalastuksen vaikutuksia ja viime vuosina olemme tutkimusryhmässäni altistaneet kalapopulaatioita muille samanaikaisille stressitekijöille kuten lämpötilan muutoksille, nälkiintymiselle, saasteille ja tulehduksille. Tutkimme näiden tekijöiden vaikutuksia sekä kalojen ilmiasuun että perimään (koko genomin sekvensointi, bisulfaattisekvensointi, RNA-sekvensointi). Tutkimme myös miten lämpötilastressi, hypoksia ja genotyyppi vaikuttavat kalojen ihon mikrobiston koostumukseeen. 

Olen myös tehnyt yhteisöekologiatutkimusta mallintamalla akvaattisia ravintoverkkoja ja muutoksia niiden dynamiikassa.