Kansainvälinen haastekilpailu tuotti tarkemman ennustemallin eturauhassyöpään
Turkulaistutkijat kehittivät entistä tarkemman eturauhassyövän ennustemallin viime vuonna järjestetyn tieteellisen DREAM Challenge -kilpailun yhteydessä. Nyt kilpailun voittanut malli sekä sen avulla saadut tulokset on julkaistu arvostetussa Lancet Oncology-tiedelehdessä.
Kansainvälisessä joukkoistamisen avulla toteutetussa DREAM Challenge -kilpailussa etsittiin mallia, jolla pystyttäisiin ennustamaan levinneen ja hormonihoidolle reagoimattoman eturauhassyövän kokonaiskuolleisuutta solusalpaajahoidon aikana.
Voittajaksi haastekilpailussa selviytyi Turun yliopiston johtama seitsenhenkinen tutkijaryhmä, joka koostui usean alan asiantuntijoista. Tutkijoiden kehittämä ennustemalli sisälsi laboratoriomittauksia, kliinisiä muuttujia ja kuvantamislöydöksiä sekä niiden yhdistelmiä. Voittajajoukkueessa oli jäseniä Turun yliopistosta, Helsingin yliopiston Suomen molekyylilääketieteen instituutista FIMMsta ja Helsingin yliopistollisesta keskussairaalasta.
– Tutkimusryhmällämme on paljon kokemusta koneoppimiseen perustuvasta ennustavasta mallintamisesta, mutta tämä haastekilpailu avasi meille aivan uudenlaisen mahdollisuuden hyödyntää laajoja kliinisten lääketutkimusten aineistoja, sanoo voittajatiimiä johtanut professori Tero Aittokallio Turun yliopistosta.
Muun muassa seerumin albumiinipitoisuus, hemoglobiini, hematokriitti, prostata-spesifinen antigeeni sekä maksan etäpesäkkeet olivat merkittäviä ennustetekijöitä voittaneessa mallissa.
Kaikkia 50 kilpailuun osallistunutta mallia vertaamalla kilpailun järjestäjät pystyivät myös osoittamaan joidenkin aiemmin aliarvostettujen kliinisten muuttujien merkityksen. Kilpailun tulokset osoittivatkin kiistattomasti kliinisten tutkimusten aineistojen avaamisen ja joukkoistamisen hyödyt lääketieteelle.
– Haastekilpailu osoitti, että kliinisistä tutkimuksista saatavilla laajoilla aineistoilla voidaan mallintaa potilaan ennustetta. Kliinisten lääketutkimusten aineistojen laajempi hyödyntäminen syöpätutkimuksessa olisikin tärkeää, toteaa voittajajoukkueessa mukana ollut dosentti Tuomas Mirtti HUSLAB:ista.
– Seuraavassa vaiheessa tutkimme, pystymmekö käyttämään mallia sairaaloissamme hoidossa olevien potilaiden ennusteen arvioinnissa ja soveltuuko malli yleisemmin kaiken tyyppisiin eturauhassyöpiin, Mirtti jatkaa.
Yhteistyössä Turun kliinisen tutkimuskeskuksen kanssa on suunnitelmissa selvittää ennustemallin hyötyjä myös TYKS:n potilasaineistoissa osana kliinisen päätöksenteon tukemista sekä uusien hoitomenetelmien kehittämisessä.
Lue lisää
>> Turkulaistutkijat kehittivät voittoisan eturauhassyövän hoidon tehoa ennustavan mallin
>> Improving prognostic modeling of prostate cancer through a crowdsourcing competition
>> Tutkimusjulkaisu Lancet Oncology-tiedelehdessä
>> University of Colorado press release
JV
Kuva: skeeze