Professori Ahlqvistin tutkimuksen painopisteitä ovat tulevaisuudentutkimus, aluesuunnittelu ja -politiikka, alueiden poliittinen talous ja teknologiaennakointi. Tällä hetkellä hän työskentelee Turun yliopiston profilaatiohankkeissa Digitaaliset tulevaisuudet (Digital Futures) ja Meri ja merenkulku (Sea and Maritime Studies). Ahlqvist on johtanut useita tutkimusprojekteja, joissa on tutkittu esimerkiksi nousevia radikaaleja teknologioita, tulevaisuustiedon rakentumista organisaatioissa ja alueilla, eri teollisuudenalojen strategista kehitystä ja tietämysyhteiskunnan olemusta. Hänen viimeisimmät projektinsa ovat tarkastelleet nouseviin teknologioihin liittyviä sosioteknisiä jännitteitä sekä maankäytön suunnittelun tulevaisuuksia Suomessa. Prof. Ahlqvist on julkaissut tutkimusartikkeleja lukuisissa kansainvälisissä journaaleissa, kuten Technological  Forecasting and Social Change, International Journal of Urban and Regional Research, New Political Economy, Geopolitics, Geografiska Annaler A: Human Geography, Space and Polity, Technology Analysis and Strategic Management, Futures, Foresight, sekä Science and Public Policy.