Mikko Nikinmaa suoritti kansainvälisen International Baccalaureate-ylioppilastutkinnon the United World College of the Atlantic:ssa (Llantwit Major, U.K). Filosofian maisterin ja tohtorin tutkintonsa hän teki Helsingin yliopiston eläintieteen laitoksessa. Tutkijatohtorina hän oli Odense n yliopistossa Tanskassa ja Stanford yliopistossa, USA:ssa. Vuodesta 1983 alkaen hän työskenteli Helsingin yliopistossa tehden tutkimusvierailut University of British Columbiaan, Vancouverissa ja Dalhousie Universityyn, Halifaxissa, Nova Scotiassa. Vuonna 1995 hänet nimitettiin Turun yliopiston eläintieteen professoriksi. Hän oli Pohjoismaisen Fysiologiyhdistyksen puheenjohtaja 1994-1996 ja Suomen Akatemian Ympäristön ja Luonnonvarojen Tutkimuksen toimikunnan jäsen 1995-1997. Han toimi Turun yliopiston matemaattis-luonnontieteellisen tiedekunnan dekaanina 2000-2004 ja olio Suomen Akatemian nimittämän Evoluutiogenetiikan ja Fysiologian  tieteen huippuyksikön johtaja 2006-2011. Hän on ollut Aquatic Toxicology-lehden päätoimittajavuodesta 2004 ja Acta Physiologican alatoimittaja ( hengitys- ja vertaileva fysiologia) vuodesta 1997. Tällä hetkellä hän on neljän aikakauslehden toimitusneuvoston jäsen. Hänen yli kahdensadan julkaisunsa joukossa ovat kirjat "Vertebrate Red Blood Cells" (1990, Springer) ja "Introduction to Aquatic Toxicology" (2014, Elsevier) sekä katsaus "Membrane Transport and the Control of Haemoglobin Oxygen Affinity" Physiological Reviewsissa. Hän on arvioinut professuureja ja rahoitusanomuksia yli kymmeneen maahan ja käsikirjoituksia lähes 40 lehteen. Hänen tutkimuksensa selvittävät erityisesti, kuinka ympäristömuutokset (lämpötilan nousu, happipitoisuuden lasku ja ympäristömyrkyt) vaikuttavat kalojen ja niiden solujen toimintaan ja sitä kautta eläinten menestykseen luonnossa.