Markus toimii Turun yliopistossa laskentatoimen ja johdon ohjausjärjestelmien professorina sekä kauppakorkeakoulun dekaanina. Hänen tutkimusintressinsä kattavat laajasti johtamis- ja tietojärjestelmien teknisiä ja käyttäytymistieteellisiä aspekteja. Hän on julkaissut laajasti arvostetuissa tieteellisissä journaaleissa ja toimii useissa toimitustehtävissä (Associate Editor, Guest Editor, Editorial Board member, reviewer). Vuosina 1994-1995 hän toimi tohtorikoulutettavana Copenhagen Business Schoolissa ja vuosina 2005-2006 vierailevana professorina University of Technology Sydney’ssä. Markus toimii lukuisissa luottamustoimissa yliopistosektorilla ja mm. säätiöiden hallituksissa. Hän on toiminut myös asiantuntijana lukuisissa yritysten ja julkisen sektorin organisaatioiden kehitysprojekteissa sekä arvostettuna liikkeenjohdon kouluttajana Suomessa ja ulkomailla.