Kari Liuhto aloitti akateemisen uransa Turun kauppakorkeakoulussa vuonna 1991. Vuonna 1997 hän siirtyi Lappeenrannan teknilliseen yliopistoon, johon hänet nimitettiin professoriksi. Kuusi vuotta myöhemmin Liuhto kutsuttiin Turun kauppakorkeakoulun Venäjän kaupan professoriksi ja Pan-Eurooppa Instituutin johtajaksi. Vuodesta 2011 lähtien hän on toiminut myös Centrum Balticum-säätiön johtajana. Uransa aikana Liuhto on toiminut useiden Itä-Eurooppaan ja Itämeren alueeseen liittyvien hankkeiden vastuullisena johtajana. Näitä hankkeita ovat rahoittaneet mm. pääministerin kanslia, Eduskunta, useat maamme ministeriöt, Euroopan komissio, Euroopan parlamentti, Maailmanpankki ja YK.