Väitös (biokemia): FM Janne J. Mäkinen

Aika

30.11.2024 klo 12.00 - 16.00
FM Janne J. Mäkinen esittää väitöskirjansa ”The Mechanism of Transcript Elongation; Substrate selection and Proofreading by the Multi-Subunit RNA Polymerase” julkisesti tarkastettavaksi Turun yliopistossa lauantaina 30.11.2024 klo 12.00 (Turun yliopisto, Dentalia, Arje Scheinin -sali, Lemminkäisenkatu 2, Turku).

Yleisön on mahdollista osallistua väitökseen myös etäyhteyden kautta: https://utu.zoom.us/j/61792902623 (kopioi linkki selaimeen).

Vastaväittäjänä toimii professori Craig T. Martin (University of Massachusetts Amherst, Yhdysvallat) ja kustoksena apulaisprofessori Georgy Belogurov (Turun yliopisto). Tilaisuus on englanninkielinen. Väitöksen alana on biokemia.

Väitöskirja yliopiston julkaisuarkistossa: https://urn.fi/URN:ISBN:978-951-29-9928-6 (kopioi linkki selaimeen).

***

Tiivistelmä väitöstutkimuksesta:

Kaikki eliöt varastoivat geneettisen informaationsa DNA:han. Geneettisen informaation hyödyntäminen vaatii DNA:n kääntämisen (transkription) RNA:ksi, jota syntetisoivat RNA-polymeraasit. Virukset, kuten influenssavirukset ja SARS-CoV-2, käyttävät infektion aikana omia RNA-polymeraasejaan, jotka merkittävästi poikkeavat ihmisen RNA-polymeraaseista.

RNA ohjaa proteiinien tuotantoa sekä geenien ilmenemisen säätelyä soluissa, joten RNA-polymeraasien on syntetisoitava RNA oikein solujen toiminnan ylläpitämiseksi. RNA-polymeraasien on valittava oikea RNA:n rakennusosa, joka vastaa käännettävän DNA:n sisältämää informaatiota, kaikkien solussa olevien RNA:n ja DNA:n rakennusosien joukosta. RNA:n synteesin tarkkuuden tutkiminen on tärkeää tehokkaiden bakteerien ja virusten RNA-polymeraaseja estävien yhdisteiden kehittämiselle.

Väitöskirja koostuu neljästä projektista, joissa selvitettiin, miten RNA-polymeraasit välttävät DNA:n rakennusosien käyttöä RNA:n synteesissä, korjaavat tekemiään virheitä, ja käyttävät RNA:n rakennusosia muistuttavia yhdisteitä RNA:n synteesissä. Tutkimuksissa hyödynnettiin monimutkaisia biokemiallisia analyysejä käyttäen bakteerin, eukaryootin, mitokondrion ja RNA-viruksen RNA-polymeraaseja. Tutkimuksissa havaittiin, että eliöiden ilmentämät RNA-polymeraasit hyödyntävät RNA:n synteesissä aminohappoa, joka erottelee aktiiviseen keskukseen sitoutuvat RNA:n ja DNA:n rakennusosat. Tutkimuksissa tunnistettiin myös useita aminohappoja, jotka ohjaavat RNA:n oikolukua RNA-polymeraasissa.

Lisäksi väitöskirjatutkimuksissa selvitettiin, miten RNA:n rakennusosia muistuttavat yhdisteet vaikuttavat RNA:n synteesiin eri RNA-polymeraaseissa. Erityisesti showdomysiinin ja formysiinin havaittiin estävän bakteerin ja viruksen RNA-polymeraasien toimintaa. Väitöskirjatutkimusta voidaan soveltaa RNA-polymeraasiin kohdennettavien lääkeaineiden kehityksessä, sillä työssä havaittiin keskeisiä eroja RNA-polymeraasien kyvyssä tunnistaa oikeat RNA:n rakennusosat.
Viestintä