Manu
Tamminen
Docent, Department of Biology
Academy Research Fellow, Physiology and Genetics
PhD, Docent
Contact
Areas of expertise
Molecular biology
Bioinformatics
Microbial Genetics
Microbial Ecology
Biography
- MSc, University of Turku, 2002
- PhD, University of Helsinki, 2011
- Post-doc, MIT, 2011-2013
- Post-doc, ETH Zürich, 2014-2017
- Adjunct professor, University of Turku, 2017
- Senior lecturer, University of Turku, 2017-
Teaching
- SOMO1021 - Advanced genetics (2018)
- FYGE2242 - Laboratory course of microbial genetics (2018)
- BIOL1301 - Fundamentals of genetics (2018)
- FYGE 4031 - Laboratory methods in genetics (2018)
- BIOL3050 - Bioinformatics for biologists (2019)
- BIOL3200 - BSc seminars (2019)
- BIOL1301 - Fundamentals of genetics (2019)
- FYGE 4031 - Laboratory methods in genetics (2019)
Research
- Single cell genomics of bacteria and small eukaryotes
- Horizontal transfer of antibiotic resistance genes
- Quantitative applications of NGS
Publications
Glyphosate residues in soil and phosphate fertilizer affect foliar endophytic microbial community composition and phytohormone levels in potato (2024)
Phytobiomes journal
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Foundation species stabilize an alternative eutrophic state in nutrient disturbed ponds via selection on microbial community (2024)
Frontiers in Microbiology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))
The role of early life factors and green living environment in the development of gut microbiota in infancy : Population-based cohort study (2024)
Environment International
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Complete genome sequences of 30 bacterial species from a synthetic community (2024)
Microbiology resource announcements
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Portable BLAST-like algorithm library and its implementations for command line, Python, and R (2023)
PLoS ONE
(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )
Molecular Characterisation of Faecal Bacterial Assemblages Among Four Species of Syntopic Odonates (2023)
Microbial Ecology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))
Glyphosate and a glyphosate-based herbicide affect bumblebee gut microbiota (2023)
FEMS Microbiology Ecology
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))
Influence of Microplastics on Microbial Structure, Function, and Mechanical Properties of Stream Periphyton (2022)
Frontiers in Environmental Science
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))
Quantitative online survey of self-perceived knowledge and knowledge gaps of medicines research and development among Finnish general public (2022)
BMJ Open
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))
Prider: multiplexed primer design using linearly scaling approximation of set coverage (2022)
BMC Bioinformatics
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))