Tapio Lönnberg profile picture
Tapio
Lönnberg
Senior Research Fellow, Turku Bioscience Centre
InFLAMES Flagship
Docent, Biotechnology
PhD
Single-cell immunogenomics research group at Turku Bioscience Centre; InFLAMES Flagship

Contact

+358 29 450 3738
Tykistökatu 6
20520
Turku

Links

Lab website
ORCID

Areas of expertise

Single-cell genomics
immunology

Biography

  • Phd 2012, University of Turku, supervised by Prof. Riitta Lahesmaa and Prof. Matej Orešič
  • Postdoc 2023-2016, Teichmann lab, EMBL-EBI and Wellcome Trust Sanger Institute, UK
  • Academy of Finland postdoc 2017-2020, Turku Bioscience Centre, University of Turku
  • 2021- Group Leader at InFLAMES Flagship
  • Secretary of the Finnish Society for Immunology



Teaching

  • Modern biotechnologies and bioinformatics
  • Medical biotechnology
  • Advanced Immunology


Research

Our research aims at gaining deeper understanding of cell fate decisions in the immune system. We leverage single-cell and spatial omics to explore phenotypic heterogeneity beyond the immune cell subsets defined by the expression of cell surface markers. Our current research encompasses arthritic, autoimmune and cardiovascular diseases, aiming to identify core gene modules that are associated with disease state and can be exploited for more efficient diagnosis, patient stratification, and therapies.

Publications

Sort by:

Single-Cell Epigenomics and Functional Fine-Mapping of Atherosclerosis GWAS Loci (2021)

Circulation Research
Ord Tiit, Ounap Kadri, Stolze Lindsey K., Aherrahrou Redouane, Nurminen Valtteri, Toropainen Anu, Selvarajan Ilakya, Lönnberg Tapio, Aavik Einari, Ylä-Herttuala Seppo, Civelek Mete, Romanoski Casey E., Kaikkonen Minna U.
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Systemic Blockade of Clever-1 Elicits Lymphocyte Activation Alongside Checkpoint Molecule Downregulation in Patients with Solid Tumors: Results from a Phase I/II Clinical Trial (2021)

Clinical Cancer Research
Virtakoivu Reetta, Rannikko Jenna H, Viitala Miro, Vaura Felix, Takeda Akira, Lönnberg Tapio, Koivunen Jussi, Jaakkola Panu, Pasanen Annika, Shetty Shishir, de Jonge Maja JA, Robbrecht Debbie, Ma Yuk Ting, Skyttä Tanja, Minchom Anna, Jalkanen Sirpa, Karvonen Matti K, Mandelin Jami, Bono Petri, Hollmén Maija
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Microanatomy of the Human Atherosclerotic Plaque by Single-Cell Transcriptomics (2020)

Circulation Research
Marie A.C. Depuydt, Koen H.M. Prange, Lotte Slenders, Tiit Örd, Danny Elbersen, Arjan Boltjes, Saskia C.A. de Jager, Folkert W. Asselbergs, Gert J. de Borst, Einari Aavik, Tapio Lönnberg, Esther Lutgens, Christopher K. Glass, Hester M. den Ruijter, Minna U. Kaikkonen, Ilze Bot, Bram Slütter, Sander W. van der Laan, Seppo Yla-Herttuala, Michal Mokry, Johan Kuiper, Menno P.J. de Winther, Gerard Pasterkamp
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Adult-Onset Anti-Citrullinated Peptide Antibody-Negative Destructive Rheumatoid Arthritis Is Characterized by a Disease-Specific CD8+T Lymphocyte Signature (2020)

Frontiers in Immunology
Tiina Kelkka, Paula Savola, Dipabarna Bhattacharya, Jani Huuhtanen, Tapio Lönnberg, Matti Kankainen, Kirsi Paalanen, Mikko Tyster, Maija Lepistö, Pekka Ellonen, Johannes Smolander, Samuli Eldfors, Bhagwan Yadav, Sofia Khan, Riitta Koivuniemi, Christopher Sjöwall, Laura L. Elo, Harri Lähdesmäki, Yuka Maeda, Hiroyoshi Nishikawa, Marjatta Leirisalo-Repo, Tuulikki Sokka-Isler, Satu Mustjoki
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Transcriptome dynamics of CD4(+) T cells during malaria maps gradual transit from effector to memory (2020)

Nature Immunology
Megan S. F. Soon, Hyun Jae Lee, Jessica A. Engel, Jasmin Straube, Bryce S. Thomas, Clara P. S. Pernold, Lachlan S. Clarke, Pawat Laohamonthonkul, Rohit N. Haldar, Cameron G. Williams, Lianne I. M. Lansink, Marcela L. Moreira, Michael Bramhall, Lambros T. Koufariotis, Scott Wood, Xi Chen, Kylie R. James, Tapio Lönnberg, Steven W. Lane, Gabrielle T. Belz, Christian R. Engwerda, David S. Khoury, Miles P. Davenport, Valentine Svensson, Sarah A. Teichmann, Ashraful Haque
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Single cell characterization of B-lymphoid differentiation and leukemic cell states during chemotherapy in ETV6-RUNX1-positive pediatric leukemia identifies drug-targetable transcription factor activities (2020)

Genome Medicine
Juha Mehtonen, Susanna Teppo, Mari Lahnalampi, Aleksi Kokko, Riina Kaukonen, Laura Oksa, Maria Bouvy-Liivrand, Alena Malyukova, Artturi Mäkinen, Saara Laukkanen, Petri I. Mäkinen, Samuli Rounioja, Pekka Ruusuvuori, Olle Sangfelt, Riikka Lund, Tapio Lönnberg, Olli Lohi, Merja Heinäniemi
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Somatic mTOR mutation in clonally expanded T lymphocytes associated with chronic graft versus host disease (2020)

Nature Communications
Daehong Kim, Giljun Park, Jani Huuhtanen, Sofie Lundgren, Rajiv K. Khajuria, Ana M. Hurtado, Cecilia Muñoz-Calleja, Laura Cardeñoso, Valle Gómez-García de Soria, Tzu Hua Chen-Liang, Samuli Eldfors, Pekka Ellonen, Sari Hannula, Matti Kankainen, Oscar Bruck, Anna Kreutzman, Urpu Salmenniemi, Tapio Lönnberg, Andrés Jerez, Maija Itälä-Remes, Mikko Myllymäki, Mikko A. I. Keränen, Satu Mustjoki
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))
People search