Kaisa Huhtinen

Deciphering cancer genomes with GenomeSpy : a grammar-based visualization toolkit (2024)

GigaScience

Lavikka, Kari; Oikkonen, Jaana; Li, Yilin; Muranen, Taru; Micoli, Giulia; Marchi, Giovanni; Lahtinen, Alexandra; Huhtinen, Kaisa; Lehtonen, Rainer; Hietanen, Sakari; Hynninen, Johanna; Virtanen, Anni; Hautaniemi, Sampsa

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level (2024)

Scientific Reports

Perkiö Anna, Pradhan Barun, Genc Fatih, Pirttikoski Anna, Pikkusaari Sanna, Erkan Erdogan Pekcan, Falco Matias Marin, Huhtinen Kaisa, Narva Sara, Hynninen Johanna, Kauppi Liisa, Vähärautio Anna

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

HRD related signature 3 predicts clinical outcome in advanced tubo-ovarian high-grade serous carcinoma (2024)

Gynecologic Oncology

Koskela Heidi, Li Yilin, Joutsiniemi Titta, Muranen Taru, Isoviita Veli-Matti, Huhtinen Kaisa, Micoli Giulia, Lavikka Kari, Marchi Giovanni, Hietanen Sakari, Virtanen Anni, Hautaniemi Sampsa, Oikkonen Jaana, Hynninen Johanna

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

PIK3R1 fusion drives chemoresistance in ovarian cancer by activating ERK1/2 and inducing rod and ring-like structures (2024)

Neoplasia

Rausio Heidi, Cervera Alejandra, Heuser Vanina D., West Gun, Oikkonen Jaana, Pianfetti Elena, Lovino Marta, Ficarra Elisa, Taimen Pekka, Hynninen Johanna, Lehtonen Rainer, Hautaniemi Sampsa, Carpén Olli, Huhtinen Kaisa

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Genome-wide quantification of copy-number aberration impact on gene expression in ovarian high-grade serous carcinoma (2024)

BMC Cancer

Jamalzadeh Sanaz, Dai Jun, Lavikka Kari, Li Yilin, Jiang Jing, Huhtinen Kaisa, Virtanen Anni, Oikkonen Jaana, Hietanen Sakari, Hynninen Johanna, Vähärautio Anna, Häkkinen Antti, Hautaniemi Sampsa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Quantification of cell death and proliferation of patient-derived ovarian cancer organoids through 3D imaging and image analysis (2023)

STAR protocols

Skorda Aikaterini, Lauridsen Anna Rossberg, Huhtinen Kaisa, Lahtinen Alexandra, Senkowski Wojciech, Oikkonen Jaana, Hynninen Johanna, Hautaniemi Sampsa, Kallunki Tuula

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

A platform for efficient establishment and drug-response profiling of high-grade serous ovarian cancer organoids (2023)

Developmental Cell

Senkowski Wojciech., Gall-Mas Laura, Falco Matias Marin, Li Yilin, Lavikka Kari, Kriegbaum Mette C., Oikkonen Jaana, Bulanova Daria, Pietras Elin J., Voßgröne Karolin, Chen Yan Jun., Erkan Erdogan Pekcan, Dai Jun, Lundgren Anastasia, Grønning Høg Mia Kristine, Larsen Ida Marie, Lamminen Tarja, Kaipio Katja, Huvila Jutta, Virtanen Anni, Engelholm Lars, Christiansen Pernille, Santoni-Rugiu Eric, Huhtinen Kaisa, Carpén Olli, Hynninen Johanna, Hautaniemi Sampsa, Vähärautio Anna, Wennerberg Krister

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Toxicity and therapy outcome associations in LIG3, SLCO1B3, ABCB1, OPRM1 and GSTP1 in high-grade serous ovarian cancer (2023)

Basic and Clinical Pharmacology and Toxicology

Deng Feng, Laasik Maren, Salminen Liina, Lapatto Lauri, Huhtinen Kaisa, Li Yilin, Hautaniemi Sampsa, Hynninen Johanna, Niemi Mikko, Lehtonen Rainer

(A1 Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tieteellisessä lehdessä )

Circulating tumor DNA-based copy-number profiles enable monitoring treatment effects during therapy in high-grade serous carcinoma (2023)

Biomedicine and Pharmacotherapy

Nguyen Mai TN, Rajavuori Anna, Huhtinen Kaisa, Hietanen Sakari, Hynninen Johanna, Oikkonen Jaana, Hautaniemi Sampsa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma (2023)

Cancer Cell

Lahtinen Alexandra, Lavikka Kari, Virtanen Anni, Li Yilin, Jamalzadeh Sanaz, Skorda Aikaterini, Lauridsen Anna Rössberg, Zhang Kaiynag, Marchi Giovanni, Isoviita Veli-Matti, Ariotta Valeria, Lehtonen Oskari, Muranen Taru A., Huhtinen Kaisa, Carpén Olli, Hietanen Sakari, Senkowski Wojciech, Kallunki Tuula, Häkkinen Aantti, Hynninen Johanna, Oikkonen Jaana, Hautaniemi Sampsa

(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Contact

Links

Areas of expertise

Publications

Sort by:

Deciphering cancer genomes with GenomeSpy : a grammar-based visualization toolkit (2024)

Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level (2024)

HRD related signature 3 predicts clinical outcome in advanced tubo-ovarian high-grade serous carcinoma (2024)

PIK3R1 fusion drives chemoresistance in ovarian cancer by activating ERK1/2 and inducing rod and ring-like structures (2024)

Genome-wide quantification of copy-number aberration impact on gene expression in ovarian high-grade serous carcinoma (2024)

Quantification of cell death and proliferation of patient-derived ovarian cancer organoids through 3D imaging and image analysis (2023)

A platform for efficient establishment and drug-response profiling of high-grade serous ovarian cancer organoids (2023)

Toxicity and therapy outcome associations in LIG3, SLCO1B3, ABCB1, OPRM1 and GSTP1 in high-grade serous ovarian cancer (2023)

Circulating tumor DNA-based copy-number profiles enable monitoring treatment effects during therapy in high-grade serous carcinoma (2023)

Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma (2023)