Eeva-Liisa Eskelinen profile picture
Eeva-Liisa
Eskelinen
Professor, Institute of Biomedicine
PhD
1. Biological functions and molecular mechanisms of the small GTPase RAB24. 2. Membrane dynamics in autophagy. Web site: https://sites.utu.fi/eskelinengroup/

Contact

+358 29 450 3996
+358 50 511 5631
Kiinamyllynkatu 10
20520
Turku

Areas of expertise

Cell biology
autophagy
lysosomes
RAB24
electron microscopy
cell imaging

Biography

Eeva-Liisa Eskelinen has a long track record in autophagy field, in particular, in  elucidating the fine structure and membrane dynamics of autophagosome biogenesis using electron microscopy. She completed her PhD in 1993 at the University of Jyväskylä, Finland. After that, she worked as postdoctoral researcher in Göttingen, Germany and Helsinki, Finland. Then she moved to Dundee, Scotland, where she worked as an independent investigator (1999-2002). From Scotland she moved to Kiel, Germany and worked as a group leader at the department headed by professor Paul Saftig (2002-2005). In August 2005 she moved back to Finland and worked as a University Lecturer at the Department of Biosciences, University of Helsinki, until 2017. 1st of November 2017 she started as a Professor of medical cell biology at the Institute of Biomedicine, University of Turku, Finland.

Teaching

Eeva-Liisa Eskelinen is the responsible teacher of the course Cell Biology and Histology, aimed for first year students in medicine, dentistry and biomedicine. She is also teaching electron microscopy methods on the course Electron Microscopy in Biomedical Sciences, aimed for MSc students on Biomedical Imaging, and for PhD students interested in the topic.

Research


The small GTPase RAB24

We study the biological functions and molecular mechanisms of RAB24, a GTPase that we showed to function in the late phase of the macroautophagic pathway. Mutation in RAB24 causes hereditary ataxia in dogs. In addition, RAB24 was shown to be overexpressed in hepatocellular carcinoma, and the overexpression was further shown to facilitate the malignant phenotype of the cancer cells. RAB24 is also overexpressed in non-alcoholic fatty liver disease. We use cell and molecular biological and biochemical approaches in order to clarify the biological functions of RAB24, as well as the molecular mechanisms that mediate these functions.


Membrane dynamics in autophagy

Autophagy is a lysosomal degradation pathway for cytoplasmic material and organelles that maintains cellular homeostasis during nutrient deprivation and stress. Autophagy also contributes to the clearance of damaged organelles and aggregate-prone proteins, protection against metabolic stress and DNA damage, and even to longevity of the organism. Defective autophagy has been connected to many human diseases including cancer, myopathies, metabolic diseases, and neurodegenerative diseases.

We and others showed that autophagosomes form in a subcompartment of the endoplasmic reticulum. A flat membrane cistern called the phagophore emerges first, which then elongates and forms a double-membrane bound autophagosome. Autophagosomes acquire hydrolytic capacity by fusing with endosomes and lysosomes. The origin of autophagosome membranes is one of the longest lasting open questions in the field. We have addressed this question using three-dimensional electron microscopy, live-cell imaging and correlative light-electron microscopy.

Publications

Sort by:

Mammalian hybrid pre-autophagosomal structure HyPAS generates autophagosomes (2021)

Cell
Kumar Suresh, Javed Ruheena, Mudd Michal, Pallikkuth Sandeep, Lidke Keith A, Jain Ashish, Tangavelou Karthikeyan, Gudmundsson Sigurdur Runar, Ye Chunyan, Rusten Tor Erik, Anonsen Jan Haug, Lystad Alf Håkon, Claude-Taupin Aurore, Simonsen Anne, Salemi Michelle, Phinney Brett, Li Jing, Guo Lian-Wang, Bradfute Steven B, Timmins Graham S, Eskelinen Eeva-Liisa, Deretic Vojo
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition) (2021)

Autophagy
Klionsky D.J., Abdel-Aziz A.K., Abdelfatah S., Abdellatif M., Abdoli A., Abel S., Abeliovich H., Abildgaard M.H., Abudu Y.P., Acevedo-Arozena A., Adamopoulos I.E., Adeli K., Adolph T.E., Adornetto A., Aflaki E., Agam G., Agarwal A., Aggarwal B.B., Agnello M., Agostinis P., Agrewala J.N., Agrotis A., Aguilar P.V., Ahmad S.T., Ahmed Z.M., Ahumada-Castro U., Aits S., Aizawa S., Akkoc Y., Akoumianaki T., Akpinar H.A., Al-Abd A.M., Al-Akra L., Al-Gharaibeh A., Alaoui-Jamali M.A., Alberti S., Alcocer-Gómez E., Alessandri C., Ali M., Alim Al-Bari M.A., Aliwaini S., Alizadeh J., Almacellas E., Almasan A., Alonso A., Alonso G.D., Altan-Bonnet N., Altieri D.C., Álvarez É.M.C., Alves S., Alves da Costa C., Alzaharna M.M., Amadio M., Amantini C., Amaral C., Ambrosio S., Amer A.O., Ammanathan V., An Z., Andersen S.U., Andrabi S.A., Andrade-Silva M., Andres A.M., Angelini S., Ann D., Anozie U.C., Ansari M.Y., Antas P., Antebi A., Antón Z., Anwar T., Apetoh L., Apostolova N., Araki T., Araki Y., Arasaki K., Araújo W.L., Araya J., Arden C., Arévalo M.-A., Arguelles S., Arias E., Arikkath J., Arimoto H., Ariosa A.R., Armstrong-James D., Arnauné-Pelloquin L., Aroca A., Arroyo D.S., Arsov I., Artero R., Asaro D.M.L., Aschner M., Ashrafizadeh M., Ashur-Fabian O., Atanasov A.G., Au A.K., Auberger P., Auner H.W., Aurelian L., Autelli R., Avagliano L., Ávalos Y., Aveic S., Aveleira C.A., Avin-Wittenberg T., Aydin Y., Ayton S., Ayyadevara S., Azzopardi M., Baba M., Backer J.M., Backues S.K., Bae D.-H., Bae O.-N., Bae S.H., Baehrecke E.H., Baek A., Baek S.-H., Baek S.H., Bagetta G., Bagniewska-Zadworna A., Bai H., Bai J., Bai X., Bai Y., Bairagi N., Baksi S., Balbi T., Baldari C.T., Balduini W., Ballabio A., Ballester M., Balazadeh S., Balzan R., Bandopadhyay R., Banerjee S., Banerjee S., Bánréti Á., Bao Y., Baptista M.S., Baracca A., Barbati C., Bargiela A., Barilà D., Barlow P.G., Barmada S.J., Barreiro E., Barreto G.E., Bartek J., Bartel B., Bartolome A., Barve G.R., Basagoudanavar 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N., Liton P.B., Liu C., Liu C.-H., Liu C.-F., Liu C.H., Liu F., Liu H., Liu H.-S., Liu H.-F., Liu H., Liu J., Liu J., Liu J., Liu L., Liu L., Liu M., Liu Q., Liu W., Liu W., Liu X.-H., Liu X., Liu X., Liu X., Liu X., Liu Y., Liu Y., Liu Y., Liu Y., Liu Y., Livingston J.A., Lizard G., Lizcano J.M., Ljubojevic-Holzer S., LLeonart M.E., Llobet-Navàs D., Llorente A., Lo C.H., Lobato-Márquez D., Long Q., Long Y.C., Loos B., Loos J.A., López M.G., López-Doménech G., López-Guerrero J.A., López-Jiménez A.T., López-Pérez Ó., López-Valero I., Lorenowicz M.J., Lorente M., Lorincz P., Lossi L., Lotersztajn S., Lovat P.E., Lovell J.F., Lovy A., Lőw P., Lu G., Lu H., Lu J.-H., Lu J.-J., Lu M., Lu S., Luciani A., Lucocq J.M., Ludovico P., Luftig M.A., Luhr M., Luis-Ravelo D., Lum J.J., Luna-Dulcey L., Lund A.H., Lund V.K., Lünemann J.D., Lüningschrör P., Luo H., Luo R., Luo S., Luo Z., Luparello C., Lüscher B., Luu L., Lyakhovich A., Lyamzaev K.G., Lystad A.H., Lytvynchuk L., Ma A.C., Ma C., Ma M., 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Pluta R., Pocock R., Pöggeler S., Pohl C., Poirot M., Poletti A., Ponpuak M., Popelka H., Popova B., Porta H., Porte Alcon S., Portilla-Fernandez E., Post M., Potts M.B., Poulton J., Powers T., Prahlad V., Prajsnar T.K., Praticò D., Prencipe R., Priault M., Proikas-Cezanne T., Promponas V.J., Proud C.G., Puertollano R., Puglielli L., Pulinilkunnil T., Puri D., Puri R., Puyal J., Qi X., Qi Y., Qian W., Qiang L., Qiu Y., Quadrilatero J., Quarleri J., Raben N., Rabinowich H., Ragona D., Ragusa M.J., Rahimi N., Rahmati M., Raia V., Raimundo N., Rajasekaran N.-S., Ramachandra Rao S., Rami A., Ramírez-Pardo I., Ramsden D.B., Randow F., Rangarajan P.N., Ranieri D., Rao H., Rao L., Rao R., Rathore S., Ratnayaka J.A., Ratovitski E.A., Ravanan P., Ravegnini G., Ray S.K., Razani B., Rebecca V., Reggiori F., Régnier-Vigouroux A., Reichert A.S., Reigada D., Reiling J.H., Rein T., Reipert S., Rekha R.S., Ren H., Ren J., Ren W., Renault T., Renga G., Reue K., Rewitz K., Ribeiro de Andrade Ramos B., Riazuddin S.A., Ribeiro-Rodrigues T.M., Ricci J.-E., Ricci R., Riccio V., Richardson D.R., Rikihisa Y., Risbud M.V., Risueño R.M., Ritis K., Rizza S., Rizzuto R., Roberts H.C., Roberts L.D., Robinson K.J., Roccheri M.C., Rocchi S., Rodney G.G., Rodrigues T., Rodrigues Silva V.R., Rodriguez A., Rodriguez-Barrueco R., Rodriguez-Henche N., Rodriguez-Rocha H., Roelofs J., Rogers R.S., Rogov V.V., Rojo A.I., Rolka K., Romanello V., Romani L., Romano A., Romano P.S., Romeo-Guitart D., Romero L.C., Romero M., Roney J.C., Rongo C., Roperto S., Rosenfeldt M.T., Rosenstiel P., Rosenwald A.G., Roth K.A., Roth L., Roth S., Rouschop K.M.A., Roussel B.D., Roux S., Rovere-Querini P., Roy A., Rozieres A., Ruano D., Rubinsztein D.C., Rubtsova M.P., Ruckdeschel K., Ruckenstuhl C., Rudolf E., Rudolf R., Ruggieri A., Ruparelia A.A., Rusmini P., Russell R.R., Russo G.L., Russo M., Russo R., Ryabaya O.O., Ryan K.M., Ryu K.-Y., Sabater-Arcis M., Sachdev U., Sacher M., Sachse C., Sadhu A., Sadoshima J., 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Zhuang H., Zhuang X., Zientara-Rytter K., Zimmermann C.M., Ziviani E., Zoladek T., Zong W.-X., Zorov D.B., Zorzano A., Zou W., Zou Z., Zou Z., Zuryn S., Zwerschke W., Brand-Saberi B., Dong X.C., Kenchappa C.S., Li Z., Lin Y., Oshima S., Rong Y., Sluimer J.C., Stallings C.L., Tong C.-K.
(Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A2))

Autophagy in major human diseases (2021)

EMBO Journal
Klionsky Daniel J, Petroni Giulia, Amaravadi Ravi K, Baehrecke Eric H, Ballabio Andrea, Boya Patricia, Bravo-San Pedro José Manuel, Cadwell Ken, Cecconi Francesco, Choi Augustine M K, Choi Mary E, Chu Charleen T, Codogno Patrice, Colombo Maria Isabel, Cuervo Ana Maria, Deretic Vojo, Dikic Ivan, Elazar Zvulun, Eskelinen Eeva-Liisa, Fimia Gian Maria, Gewirtz David A, Green Douglas R, Hansen Malene, Jäättelä Marja, Johansen Terje, Juhász Gábor, Karantza Vassiliki, Kraft Claudine, Kroemer Guido, Ktistakis Nicholas T, Kumar Sharad, Lopez-Otin Carlos, Macleod Kay F, Madeo Frank, Martinez Jennifer, Meléndez Alicia, Mizushima Noboru, Münz Christian, Penninger Josef M, Perera Rushika M, Piacentini Mauro, Reggiori Fulvio, Rubinsztein David C, Ryan Kevin M, Sadoshima Junichi, Santambrogio Laura, Scorrano Luca, Simon Hans-Uwe, Simon Anna Katharina, Simonsen Anne, Stolz Alexandra, Tavernarakis Nektarios, Tooze Sharon A, Yoshimori Tamotsu, Yuan Junying, Yue Zhenyu, Zhong Qing, Galluzzi Lorenzo, Pietrocola Federico
(Vertaisarvioitu katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A2))

p62/SQSTM1-droplet serves as a platform for autophagosome formation and anti-oxidative stress response (2021)

Nature Communications
Kageyama Shun, Gudmundsson Sigurdur Runar, Sou Yu-Shin, Ichimura Yoshinobu, Tamura Naoki, Kazuno Saiko, Ueno Takashi, Miura Yoshiki, Noshiro Daisuke, Abe Manabu, Mizushima Tsunehiro, Miura Nobuaki, Okuda Shujiro, Motohashi Hozumi, Lee Jin-A, Sakimura Kenji, Ohe Tomoyuki, Noda Nobuo N, Waguri Satoshi, Eskelinen Eeva-Liisa Komatsu Masaaki
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Synergistic combination of cytotoxic chemotherapy and cyclin-dependent kinase 4/6 inhibitors in biliary tract cancers (2021)

Hepatology
Arora Mansi, Bogenberger James M, Abdelrahman Amro M, Yonkus Jennifer, Alva-Ruiz Roberto, Leiting Jennifer L, Chen Xianfeng, Serrano Uson Junior Pedro Luiz, Dumbauld Chelsae R, Baker Alexander T, Gamb Scott I, Egan Jan B, Zhou Yumei, Nagalo Bolni Marius, Meurice Nathalie, Eskelinen Eeva-Liisa, Salomao Marcela A, Kosiorek Heidi E, Braggio Esteban, Barrett Michael T, Buetow Kenneth H, Sonbol Mohamad B, Mansfield Aaron S, Roberts Lewis R, Bekaii-Saab Tanios S, Ahn Daniel H, Truty Mark J, Borad Mitesh J
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Autophagy inhibition by targeting PIKfyve potentiates response to immune checkpoint blockade in prostate cancer (2021)

Nature Cancer
Qiao YY, Choi JE, Tien JC, Simko SA, Rajendiran T, Vo JN, Delekta AD, Wang LS, Xiao LB, Hodge NB, Desai P, Mendoza S, Juckette K, Xu AL, Soni T, Su FY, Wang R, Cao XH, Yu JL, Kryczek I, Wang XM, Wang XJ, Siddiqui J, Wang Z, Bernard A, Fernandez-Salas E, Navone NM, Ellison SJ, Ding K, Eskelinen EL, Heath EI, Klionsky DJ, Zou WP, Chinnaiyan AM
(Vertaisarvioitu alkuperäisartikkeli tai data-artikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä (A1))